ড. নন্দিনী মুখার্জী কমলা গার্লস স্কুল থেকে মাধ্যমিক, উচ্চমাধ্যমিক পাঠ ভবন থেকে পাশ করেন৷ ১৯৮৭ সালে শিবপুর বিই কলেজ থেকে কম্পিউটার সায়েন্স নিয়ে ইঞ্জিনিয়ারিংয়ে স্নাতক৷ স্নাতকোত্তর ডিগ্রী লাভ করেন যাদবপুর বিশ্ববিদ্যালয় থেকে এবং সেখানেই ১৯৯২ সালে অধ্যাপনা শুরু৷ পরবর্তী সময়ে ‘কমনওয়েলথ স্কলারশিপ’ পেয়ে ইংল্যান্ড যাত্রা এবং ম্যানচেস্টার ইউনিভার্সিটি থেকে ডক্টরেট উপাধি লাভ৷ বর্তমানে যাদবপুর ইউনিভার্সিটি’র ‘মোবাইল-কম্পিউটিং’ বিভাগের ডিরেক্টর৷
কম্পিউটার সায়েন্সের বিভিন্ন বিষয়ে তাঁর প্রায় ৮০ টি গবেষণা মূলক প্রবন্ধ পৃথিবীর বিভিন্ন পত্র-পত্রিকায় প্রকাশিত৷ অগনিত ছাত্র-ছাত্রী তাঁর অধীনে গবেষণা করে বর্তমানে বিশ্বের নানা প্রান্তে ছড়িয়ে আছেন৷
সুগায়িকা ড: মুখার্জী ছাত্র অবস্থাতেই বামপন্থী আন্দোলনে যোগদান করেন৷ বর্তমানে যাদবপুর বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষক আন্দোলনের অন্যতম মুখ৷ সারা ভারত গণতান্ত্রিক মহিলা সমিতির নেত্রী ড: মুখার্জী এ রাজ্যে ফ্রি সফটওয়ার আন্দোলনের পুরোধা৷
