১৮৭৯ খ্রিস্টাব্দে মেট্রোপলিটন স্কুল থেকে প্রথম বিভাগে এন্ট্রান্স পাশ করে নরেন্দ্রনাথ প্রথমে প্রেসিডেন্সি কলেজে ভর্তি হন। কিন্তু ম্যালেরিয়ায় ভুগে ডিসকলেজিয়েট হয়ে যাওয়ায় এই কলেজ ছেড়ে তাকে ভর্তি হতে হয় জেনারেল অ্যাসেম্বলিজ ইন্সটিটিউশন (বর্তমান স্কটিশ চার্চ কলেজ)।
সেখান থেকে ১৮৮১ খ্রিস্টাব্দে এফ.এ. এবং ১৮৮৪ খ্রিস্টাব্দে বিএ পাস করেন। স্কুল কলেজের পরীক্ষা কে বিশেষ গুরুত্ব না দিলেও নরেন্দ্রনাথের বিদ্যানুরাগী ছিল প্রবল এবং পড়াশোনার পরিধিও ছিল অত্যন্ত বিস্তৃত।
ছাত্রাবস্থাতেই তিনি দার্শনিক হার্বাট স্পেন্সারের একটি মতবাদের সমালোচনা করে তাকে চিঠি দিয়েছিলেন এবং স্পেন্সার তার উপরে নরেন্দ্রনাথের যথেষ্ট প্রশংসা করে লিখেছিলেন যে বই এর পরবর্তী সংস্করণে তিনি সেই সমালোচনা অনুযায়ী কিছু কিছু পরিবর্তন করবেন। কলেজের অধ্যক্ষ উইলিয়াম হেস্টি পর্যন্ত তাঁর প্রতিভায় মুগ্ধ হয়ে বলেছিলেন, “নরেন্দ্রনাথ সত্যিই একটি জিনিয়াস। আমি বহু জায়গায় ঘুরেছি, কিন্তু এর মত বুদ্ধি আর বহুমুখী প্রতিভা কোথাও দেখিনি, এমনকি জার্মানির বিশ্ববিদ্যালয়গুলির দর্শনের নয়।”
